個別に削除出来るようになればよいのですが、
残念な事に、個別には無理で一括削除になってしまいます。

WebのiCloud(https://www.icloud.com/)に接続してください。右上にアカウント表示が在りますので、これをクリックして下さい。するとポップアップしてきた画面に下のような「詳細設定」ってのがあると思います。

iCloudのフォトストリーム

この詳細設定を選択すると、下のようなのがでてきます。

iCloudのフォトストリーム

iCloudでフォトストリームをリセットしてもiCloud側の写真だけ削除されデバイス側は削除されないようです。一枚消すということは不可能なのでデバイス側のフォトストリームをオフにしてデバイスの中に保存されている写真を削除して下さい。